Bosque Subandino
En la franja subandina, convergen elementos del bosque seco y especies propias de esta franja, que se caracteriza por niveles de humedad más altos, y, por lo tanto, suele ser más diversa, pero igual de amenazada que el bosque seco.
Normalmente ubicados por encima de los 1.000 msnm, y dependiendo de la zona hasta cerca de los 2.000 o más arriba, alrededor de los 2.400 metros. A esta franja corresponde la zona cafetera, y grandes áreas transformadas en la actualidad en potreros, áreas de cultivo y pueblos, siendo por lo tanto una franja en constante transformación y deterioro.
En la reserva la franja subandina está ocupada principalmente por regeneración natural de unos 40 años, pequeños fragmentos muy intervenidos que fueron luego rodeados por la regeneración y reconectados con la parte alta, y franjas riparias que se han ido recuperando tanto en estructura como en composición. Hoy son el hábitat preferido de la guacharaca (Ortalis columbiana). Aquí abundan las pioneras intermedias como los balsos blancos (Heliocarpus americanus), el balso tambor (Ochroma lagopus), guamos (Inga spp.) y una diversidad muy alta en laureles y aguacatillos (Ocotea, Aniba, Beilschmiedia, Persea, Nectandra), entre los que se destaca el arenillo (Ocotea wittei), una de las maderas más finas de esta franja intermedia.
Esta franja ejerce un papel muy importante, ya que facilita el flujo de especies desde abajo hasta arriba y viceversa, en la búsqueda de recursos. Los procesos naturales aquí son más rápidos que en la parte alta, por lo tanto, la regeneración de las especies es más rápida porque tienen mayores tasas de desarrollo, de igual manera, la oferta de alimento suele ser más abundante, ya que numerosas especies de pioneras intermedias ofrecen alimento casi que constantemente. Su papel regulador también es clave, además de que son altamente diversos.
Bosque Andino
En el bosque andino la estratificación dentro del bosque es mucho más compleja; las epifitas suelen ser uno de los grupos de mayor interés. Estas están representadas por orquídeas, bromelias, anturios, helechos y otras especies menos abundantes. Las epifitas no vasculares como los musgos y las hepáticas suelen cubrir buena parte de las ramas y los tallos, y aun las hojas, en aquellos sitios en donde la humedad es mayor, siendo reguladores importantes del agua dentro de los bosques.
La diversidad de plantas es muy alta; entre los árboles sobresalen especies como el roble, que puede extenderse desde el subandino, o ubicarse solamente en la parte alta por eliminación de las poblaciones bajas. Árboles como los cedros negros (Juglans neotropica), cedros rosados (Cedrela montana), carisecos (Billia rosea), yolombo (Panopsis spp.), laureles (Ocotea, Nectandra), aguacatillos (Persea, Beilschmiedia), cominos (Aniba perutilis, Aniba spp.), palmas de cera (Ceroxylon spp.), y muchas otras especies maderables se encuentran en esta franja, que históricamente ha sido fuertemente deforestada para el establecimiento de ganaderías.
Las densidades de plantas dentro del bosque son altas,
y cuando los bosques se encuentran en buen estado de conservación hay abundante regeneración de las especies del dosel.
Abundan los anturios (Anthurium spp.) creciendo en el sotobosque o como epifitas o hemiepífitas en la base de los árboles. Abunda el agua, y las cañadas y franjas riparias suelen ser muy ricas en arbustos y hierbas, además de briofitas (musgos) que cubren las rocas y los troncos. Son bosques muy ricos en fauna, pues su diversidad de especies también lo es en recursos para la fauna.
Es la franja más deteriorada dentro de Madhú, ya que solo hay conexión a través de un robledal en la parte alta, las demás áreas, que antes fueron potreros, se encuentran en la actualidad en procesos de sucesión que permiten el restablecimiento de una conexión insipiente, que se va mejorando con el tiempo.
Bosque Altoandino
En la medida en que se sube sobre el nivel del mar, se experimenta una disminución en la temperatura, y la vegetación empieza a cambiar. Por encima de los 2.800 metros las plantas se hacen más bajas, los grandes árboles que se encontraban en el bosque andino, y que pueden alcanzar hasta 40 metros, en la franja altoandina no superan los 15-20 metros, en el mejor de los casos. La vegetación se hace más densa, más delgada y los tallos retorcidos, y empiezan a abundar los musgos, tanto en los tallos como en el suelo, empiezan a aparecer cojines de musgos a veces multicolores como los del género Sphagnum.
Si en el bosque andino la niebla es un componente clave en la dinámica del agua, en el bosque Altoandino es fundamental.
Estos bosques se encuentran cubiertos de niebla buena parte del día, a veces la visibilidad se reduce a un par de metros y la humedad en el ambiente es altísima. Las plantas de los bosques altoandinos se han adaptado a estas condiciones, y para no perder tanta agua por la radiación, se han vuelto duras, coriáceas, han desarrollado, igual que en el páramo, cubiertas de pelos y de escamas, a la vez que las márgenes de las hojas se han curvado hacia adentro, mientras que el tamaño de las hojas se ha reducido.
Las epífitas se concentran en la base de los árboles, y muchas de ellas son capaces de vivir en el suelo sobre espesas capas de hojarasca. Las bromelias son uno de esos grupos de epifitas.
Entre los árboles, sobresalen los encenillos (Weinmannia spp.), los chagualos o raques (Clusia spp.), los sietecueros (Tibouchina lepidota, Tibouchina grossa), laureles de gran dureza como el laurel negro (Ocotea heterochroma), pino colombiano o romerón en los filos (Podocarpus oleifolius), aguacatillo blanco (Persea mutisii), nigüitos (Miconia spp.), arbustos escandentes o hemiepífitas como los mortiños (Cavendishia, Psammisia, Thibaudia), canelo de páramo en las partes más bajas (Drimys granatensis), entre muchos otros.
En la medida en que se asciende, el bosque se empieza a volver más bajo, y solo por fuera de los filos y de los sitios expuestos, el bosque conserva árboles, que en algunos casos, cuando están protegidos de los vientos, pueden alcanzar más de 15 metros de altura y diversidades altas. En el filo los árboles desaparecen, solo unos pocos logran mantenerse, y allí empieza a haber un cambio no tan notable, es un cambio lento, en una transición hacia ecosistemas y condiciones más frías, de vientos más fuertes y helados, de mucha niebla, pero poca lluvia. Los arbustos entonces remplazan al bosque, algunos alcanzando 3-4 metros, con musgos solo en la base, igual que líquenes grandes con formas de orejas o elevados como arbolitos formando diminutos bosques verdosos.